Nicht nur unsere Schule hier in Freudenstadt, sondern die meisten Waldorfschulen weltweit organisieren sich nach dem Prinzip der Selbstverwaltung. Hierbei gibt sich jede Schule ihre eigene Organisationsstruktur. Träger unserer Schule ist der Verein Freie Waldorfschule Freudenstadt e. V. dessen Mitglieder sich aus Lehrern, Mitarbeitern, Eltern und Freunden der Schule zusammensetzen. Sie wählen alle zwei Jahre den Vereinsvorstand aus Lehrern und Eltern neu. In vielen Gremien innerhalb dieser Vereinsstruktur arbeitet die genannte Schulgemeinschaft eng zusammen und verwaltet den Schulbetrieb mit all seinen Aufgaben. Neben den pädagogischen Konferenzen der Unter-, Mittel- und Oberstufe sowie den Vorstandssitzungen, ist die wöchentliche Schulführungskonferenz das leitende Organ der Schule. Hier arbeiten Lehrer, Mitarbeiter der Schule, Eltern und Vorstandsmitglieder gemeinsam an den Belangen der Schule und treffen Entscheidungen. Die mitarbeitenden Eltern werden vom Elternrat, die Vertreter des Vorstandes durch die Vorstandsmitglieder zur Mitarbeit in dieses Gremium entsandt.

Eltern legen die Grundlage für die Existenz der Schulen, denn Schulgründungen gehen in der Regel von Elterninitiativen aus und immer sind es Menschen vor Ort, die dafür aktiv tätig werden. So auch hier in Freudenstadt im Jahr 2002. In der Zeit danach halten Eltern „ihre“ Schule am Leben. Sie setzten sich auf Elternabenden und in unterschiedlichsten Gremien mit den pädagogischen und organisatorischen Belangen der Schule auseinander und begleiten kritisch die Entwicklung der Schulklasse ihrer Kinder. In vielen Arbeitskreisen können die Eltern je nach Wunsch und  Möglichkeit, die Schule ihrer Kinder wesentlich mitgestalten. Elternarbeit ist ein unverzichtbarer Bestandteil jeder Waldorfschule.